La iglesia primitiva, de origen gótico, fue mandada construir por el rey de Castilla Alfonso VIII tras la reconquista de Cuenca en el año 1177, ocupando probablemente el emplazamiento de una antigua mezquita. Constaba de tres naves y una torre a los pies. Fue destruida en el año 1499 y vuelta a construir en 1604, cuando se le adosa la capilla de San Marcos, fundada por Miguel Enríquez, capellán de En el XVII, la torre de la iglesia se encontraba en un estado ruinoso, por lo que a finales de siglo se proyectó su reedificación para impedir su hundimiento y detener el deterioro. Se encargó a tres maestros canteros la elaboración de unas trazas de la torre y don Juan de Pontón, arquitecto y maestro mayor de las obras de la Catedral , sería en encargado de revisar los proyectos. La obra finalmente fue concedida a Pedro Salinas, aunque se destacó los trabajos de los otros dos maestros, Andrés Martínez y Simón Martínez, por la calidad de los diseños.
Cuando la traza ya estaba decidida, se saco a subasta la realización de la obra, que recayó en el maestro Gregorio Pastor por la cantidad de 3.300 reales.
En la Guerra de Sucesión, año 1700, la iglesia fue destruida de nuevo. Será durante el episcopado de don José Flórez Osorio cuando el templo, como otros muchos de la ciudad de Cuenca, fue renovado; y el encargado de esta renovación fue José Martín de Aldehuela, arquitecto turolense que realizo un gran número de obras en Cuenca desde 1738 a 1778, entre ellas la iglesia de San Felipe Neri. Su proyecto fue el de conservar la capilla mudéjar y rehacer el resto del edificio
El edificio está cubierto con una cúpula de gajos (ocho en total, uno por cada capilla, otro que corresponde a la entrada y el último que corresponde al presbiterio) sobre una cornisa y un tambor con seis ventanales lobulados, que suponen los únicos puntos de luz natural que iluminan la iglesia. La decoración, dentro del más puro estilo rococó, cubre la cúpula, las pilastras y las ventanas
En el presbiterio se muestra un Cristo peculiar, al ser de cuatro clavos, en lugar de los tres tradicionales, obra de Víctor de los Ríos, y una imagen de San Pedro, además de pinturas al temple en ambos lados, que aparecieron tras la restauración realizada en la década de 1990, y un zócalo de madera proveniente de los cajones que contuvieron documentos del Archivo de A la izquierda, la ya nombrada capilla de San Marcos, con su techo de artesonado mudéjar, ricamente decorado y una luneta de lienzo que representa la Crucifixión , obra del maestro Luís Bernardo de Borgoña.
El templo guarda, además, un pilar de agua bendita del siglo XVIII, y una amplia pila bautismal del siglo XII que recuerda los bautizos por inmersión, así como numerosos grupos escultóricos: el Cristo de la Salud , perteneciente a la cofradía de los hortelanos y conocido vulgarmente como de los Almendrones, y varios pasos procesionales de Semana Santa: el de San Pedro, obra de Marco Pérez de 1949; el Cristo de la Vera Cruz , anónimo del siglo XVIII; la Negación de San Pedro, de 1997 y obra del conquense Vicente Marín Morte; el Bautismo de Nuestro Señor Jesucristo, tallado por Dubé de Luque del año 2000; y el Ecce Homo de San Miguel, esculpido por Federico Collaut Valera en 1941 para la cofradía de la iglesia de San Miguel, a la que vuelve la imagen cada año para presidir la lectura del Pregón de Semana Santa durante el Viernes de Dolores.
La torre, de planta cuadrada, tres cuerpos decrecientes y una pequeña cúpula, es obra de Mateo López Baena, artista que dirigió las obras de la Diócesis tras la marcha a Málaga de José Martín de Aldehuela en 1778.
En la actualidad, nos encontramos ante una iglesia que aúna elementos de diversas épocas: artesonado mudéjar, fachada barroca, decoración rococó, etc.
Robles Roger, Sara. 'La Iglesia de San Pedro', en 'Boletín Informativo de la Vble. Hdad, del Stmo. Cristo de la Vera Cruz', Cuenca, 2008
